En 1783 había sido reorganizado como convictorio, es decir, con un régimen de internado para los alumnos. Había cien alumnos que tenían que pagar cien pesos cada uno y se establecieron cuatro becas para "hijos de pobres honrados".  Los estudiantes debían ser, por reglamento, “de la primera clase, hijos legítimos que sepan leer y escribir suficientemente y cristianos viejos, limpios de toda mácula y raza de moros y judíos”.

El régimen era muy severo y los alumnos se levantaban a las cinco de la mañana y debían arreglar sus camas y habitaciones. El desayuno consistía en algunas pasas, a veces apolilladas. Se castigaba con azotes a los estudiantes; el hijo del capitán Alfonso Sotoca recibió treinta y cuatro, propinados con una guasca (látigo de cuero). Los cuartos eran húmedos, faltaban vidrios en las ventanas y los bancos de la clase tenían sus patas comidas por las ratas. Además, los profesores se empeñaban en defender doctrinas ya perimidas en Europa y pasaban por alto los nuevos descubrimientos científicos.

Esta situación se tornó insoportable para los estudiantes, quienes un 28 de mayo de 1796 retuvieron y castigaron a golpes a celadores y algunos profesores de quienes tenían quejas, tomaron las ventanas y las azoteas y se dispusieron a resistir. 

El jefe de esta revuelta estudiantil era un jovencito de dieciséis años, el mismísimo Juan Gregorio de Las Heras, después glorioso general de La Argentina e integrante de la mesa chica del Ejército Libertador comandado por San Martín. Entre los compañeros que figuraban en la lista de ese año, y que resistieron con él, destacan Bernardino Rivadavia, Luis y Manuel Dorrego, Antonio Sáenz, José Rondeau y Estanislao Soler. 

Mariano Moreno era por entonces un muchachito retraído y no participó de esa protesta violenta de
los pupilos. Estaba en carácter de oyente y no de pupilo, por lo que sólo tomaba sus lecciones y regresaba luego a su casa. Era un excelente alumno que hablaba muy bien el latín. También se destacaba en teología y fue elegido para disertar sobre las conclusiones del curso de filosofía. Había nacido la pasión por la lectura y el estudio que lo acompañaría durante su corta vida.

“Son educados para frailes y clérigos – dijo Manuel Moreno, hermano de Mariano – y no para ciudadanos (…) estando reducidas sus lecciones a formar de los alumnos unos teólogos intolerantes, que gastan su tiempo en agitar y defender cuestiones abstractas sobre la divinidad, los ángeles, y consumen su vida en averiguar las opiniones de autores antiguos que han establecido sistemas extravagantes y arbitrarios sobre puntos que nadie es capaz de conocer.”

Los mayores dejaron salir a los estudiantes más jóvenes y a los pusilánimes. El virrey Pedro de Melo de Potugal tuvo que enviar el Regimiento Fijo de veteranos para dominar la revuelta, pues los más exaltados no querían rendirse. Los estudiantes consiguieron armas y recibieron a los primeros parlamentarios a balazos. Fue la primera “toma estudiantil” registrada en el Río de la Plata.

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